Для linux/unix я нашел классную программку - fsbackup.
Она консольная, но периодический автоматический инкрементальный
бэкап выполняет отменно. Написана на чистом перле без применения
каки-либо движков БД.
Автор - русский, поэтому есть подробное описание на русском и все исходники откомментарены на английском и русском.
Умеет делать полный бэкап, инкрементальный бэкап (заданное кол-во
бэкапов а потом опять полный), складывать забэкапленное может как
локально так и удаленно по ftp или ssh. Умеет шифровать если надо.
Изменение файлов определяет по
timestamp или по md5 - выбирается в настройках. Какие пути и файлы
включать в бэкап, какие исключать - задается гибко, включая regexp.
Формат бэкапов таков что для разворота его обратно не надо ничего,
вообще. Ну, кроме работающего линуха. Т.е. даже сам fsbackup не нужен.
Ну и проч. и проч.
В комплекте есть скриптики которые делают бэкапы баз - FireBird,
MySQL и Postgress. Базы тоже задаются масками - "все", "все кроме",
"только по маске"... Ну или поименно.
Ну и зная файл архива можно этот файл оттуда вытащить.
Архив - обычный tar.gz
Т.е. таким образом имея достаточно инкрементальных бэкапов можно
видеть в какие дни (или периоды если частота инкрементов - не
ежедневнея) файл изменялся и доставать нужный вариант.